La Santé des Poissons est à prendre en considération pour toute opération aquacole. La "bonne conduite" des éleveurs, comme proposé par le code de la FEPA et celui de nombreuses associations de producteurs, fait partie intégrante de toutes les étapes de la pisciculture. C'est un moyen de promouvoir la santé des poissons et, ainsi, d'éviter les maladies.

Toute ferme se doit de contrôler, au cours de chaque opération, les maladies ainsi que l'hygiène de base. Les pratiques d'aquaculture, concernant l'augmentation du stock de poisson (soins, alimentation, élevage...), sont aujourd'hui bien établies et bien développées à tout point vue dans ce domaine. Si bien que l'utilisation de médicaments est devenue quasiment nulle dans la plupart des secteurs. Notamment grâce à la prescription de régimes sains et équilibrés, à l'usage de vaccins et à la prise de mesures de bio-sécurité sophistiquées.

Toutefois, il n'est pas impossible que certains pathogènes apparaissent dans les élevages de poissons. On doit souvent leur présence à une addition de faune et flore naturelle dans l'eau. Les pathogènes ne sont pas systématiquement la cause de maladie. Si cela devait arriver, une simple bio-sécurité et quelques remèdes pourraient résoudre le problème. Magré cela, il arrive que l'Etat préconise des mesures de contrôle. La Communauté européenne a décidé, après plus ou moins 10 ans, que la législation sur la Santé des Poissons devait être revue. C'est pourquoi la DG SANCO, qui s'occupe aujourd'hui de toutes les questions vétérinaires, a invité plusieurs repésentants du Comité Consultatif pour l'Aquaculture de l'UE afin de discuter avec des administrateurs vétérinaires représentant des états. 

Faciliter le libre commerce sans répandre de maladie, tel est l'objectif de la législation. Reste l'harmonisation de cette dernière avec les pays hors Communauté, ayant des échanges avec les états membres, tout en gardant les objectifs socio-économiques de l'aquaculture comme méthode justifiable et durable de production d'aliments. Ce sont des principes bien établis. Certaines restrictions commerciales sont inévitables en cas de contrôle des maladies mais elles doivent bien entendu être aussi limitées que possible.

Les contrôles doivent comprendre la prévention élémentaire de toute transmission de maladie, des programmes d'éradication et/ou de contrôle ainsi que les restrictions commerciales relatives aux poissons, aux produits de la pêche, aux équipements et, éventuellement, au personnel. Là où cela paraît pertinent, par exemple pour les programmes d'éradication, la législation devra tenir compte de tout support financier quelque qu'il soit (des Etats Membres, de la Commision, des Assurances ou des secteurs privés). La législation doit aussi permettre le commerce international et laisser les états membres prouver qu'ils ne sont pas contaminés. Une vérification officielle par une autorité compétente est toutefois essentielle pour assurer des exportations équitables et faciliter le commerce.